冬虫夏草储存关键在于防潮、防蛀和防虫，把虫草放进密封的玻璃瓶，里面再放一些花椒或丹皮，然后放置在冰箱中；如果需要保存半年以上，在储存冬虫夏草的地方旁边还要摆放干燥剂，以更好地防潮。一旦发现冬虫夏草受潮，应立即拿到太阳下曝晒。如果发现冬虫夏草已经长虫了，可拿到炭火旁稍加烘焙，然后筛去虫屑。

虫草越新鲜，其功效就越好。建议购买虫草后，应有计划地服用，连续服用3个月以上。就一般的家庭保存条件来说，冬虫夏草的保存时间不宜超过2年。